Wystarczy Ci każdy program, który wspiera rozliczanie z NFZ.
PPS bez modułu ZPO też wystarczy, z modułem ZPO jest wygodniej, bo dla jednej instalacji masz w cenie import z pliku z eZWM. Dla większej liczby instalacji dodatkowo dopłacasz.
Nie wiem na jaką formę współpracy z Subiektem byś liczył, ale rozliczenie z NFZ idzie swoją ścieżką, Subiekt jej raczej nie wspiera. Rejestrujesz wniosek na eZWM, na koniec miesiąca ściągasz plik z podsumowaniem realizacji z PŚ/SZOI i czytujesz do programu (możesz manualnie pojedynczo wpisać, nie musisz mieć importu wtedy) i rozliczasz.
Gdzieś na forum ktoś pisał, że jest program, który działa tak, że nie wpisujesz na eZWM nic, tylko wykorzystujesz do tego program i on wysyła już co trzeba. Nie dotykałem, nie wiem czy działa, ale model wydaje się bardziej naturalny niż PPSowy.