To nie powinno być problemu. Ja bym podszedł do tematu tak, że skoro NFZ twierdzi, że problem leży po stronie oprogramowania do rozliczeń, to wysłałbym im plik i niech powiedzą, co jest w nim nie tak. W przypadku wysyłki RFXa czy eDokumentu, komunikacja nie jest nawiązywana bezpośrednio przez aplikację, tylko logujemy się przez stronę www. W takim wypadku jedyne certyfikaty, to te służące do uwierzytelnienia się podczas logowania przez przeglądarkę - ale z tym dostawca oprogramowania nie ma nic wspólnego. Jedyne inne rozwiązanie widzę w złych odnośnikach do przestrzeni a xmlach, ale tutaj się nie zmieniało nic ostatnio i błędów nie powinno być.