Tu nie chodzi tylko o pozycję na fakturze. W szablonie masz zawarte id usług, które PPS oznaczy Ci jako zapłacone.
Jest jeszcze id instalacji, ale na wszelki wypadek wolałbym na kopiach programu sprawdzić czy po wgraniu na obydwóch tego samego szablonu nie poustawiają się błędnie statusy świadczeń.
Jeśli idzie o wydrukowanie rachunku to nie ma żadnego problemu, ponieważ po utworzeniu na podstawie szablonu możesz go edytować i pozycję zbędną "wyzerować" (w polu ilość wpisać 0).
Pytanie tylko czy SZOI przyjmie dwa rachunki do tego samego szablonu? To już pytanie do informatyków NFZ bądź samodzielne przetestowanie - nic się nie powinno stać, najwyżej pokaże błąd importu rachunku.... chyba