Sposób instalacji za pośrednictwem apletu dodawania programów jest najprostszym sposobem. Jednak czasami, dany program wymaga innego sposobu instalowania (np. - uruchomienia ciągu oddzielnych programów konfiguracyjnych itp.). Wtedy, przed instalacją takiej aplikacji, należy włączyć specjalny tryb, który zapewnia że pliki programu zostaną zainstalowane w głównym katalogu systemowym, a nie w podkatalogu Windows w katalogu macierzystym użytkownika (%homepath%\windows). Dzięki temu programy będą dostępne w środowisku wielosesyjnym. Służy do tego polecenie change user.
Aby zainstalować aplikację w taki sposób należy:
- Uruchomić wiersz poleceń (program cmd.exe).
- Wpisać polecenie change user /install w wierszu poleceń. Po wydaniu tego polecenia, serwer przechodzi w tryb rejestrowania instalacji. Wyłączone jest m. in. mapowanie plików ini (i są one wgrywane do katalogu systemowego). Następnie system rejestruje, w jaki sposób interfejsy instalacyjne API początkowo instalują program.
- Uruchomić właściwą instalację.
- Wrócić do trybu wykonywania, wpisując w wierszu poleceń change user /execute. Polecenie przywraca mapowania plików .ini i przekierowuje dane specyficzne dla użytkownika do jego katalogu macierzystego.
Jeżeli system nie zostanie przełączony w tryb instalacji, wtedy może się zdarzyć tak, że instalowana aplikacja będzie albo niedostępna dla zdalnych użytkowników serwera terminali, albo będzie ją mógł uruchomić tylko ten użytkownik, który ją zainstalował.