Nie masz się czego obawiać.
U mnie bazy leżą na różnych partycjach i w różnych katalogach.
Wszystko działa bezproblemowo, oczywiście w pliku ini musisz to zadeklarować.
Na jednym komie mam zainstalowanego jednego ppsa, a w katalogu bazy mam dziesięć różnych baz o nazwach np: por1.fdb, por2.fdb itd.
Oczywiście przed uruchomieniem przy pomocy batch-a podmieniam plik ini przypisany do danej poradni(czyt. pliku FDB)
Jest jeden jeszcze walor takiego rozwiązania, zamiast aktualizować dziesięć razy różne pps-y, robię to tylko raz, a otwierając niezaktualizowaną bazę to z katalogu serw aktualizuje się tylko baza.