Szablon, który dostajemy z NFZ, jest taki sam w przypadku jak jako firma wystawiamy rachunki jak i faktury, w nim nie zmienia się nic.
Wystawiasz typowy rachunek z szablonu - chodzi o nazewnictwo w PPSie, tam zawsze wystawia się rachunek, ale lepiej rozumieć to jako dokument finansowy i w dalszym ciągu jest ten krok taki sam w przypadku rachunków i faktur vat w sensie księgowym. Tutaj ważniejszy jest moment wydruku - co tam jest wybierane. Czy rachunek (jest on bez VATu) czy faktura (jest ona z VATem) lub moment generacji eDokumentu (ERX - rachunek bez VAT, EFX - faktura z vat); RFXy są takie same czy to faktura czy rachunek.
Podsumowując - jak Pani doktor nie jest vatowcem, to może drukować rachunek (tutaj pewnie tak jest) i tam z racji, że nie ma w dokumencie uwzględnianego VATu (żadnej stawki, czy zw. czy 0% czy 23%), to i nie ma dopisku. Spróbuj sobie wydrukować ten sam dokument jako fakturę - zobaczysz, że po drodze otrzymasz okienko, gdzie wskazać trzeba będzie podstawę zwolnienia i wydrukuje się ona na papierze. Wydruk faktury niczym nie grozi, nie jest nic zmieniane w programie, także dla sprawdzenia możesz to zrobić.
Jednym zdaniem - Pani doktor chce dopisek, niech się zarejestruje w VAT i drukuje faktury VAT - wtedy będzie to uzasadnione.